Sélection: une course contre la montre!

C’est un fait : le sélectionneur a un rôle crucial à jouer dans le contexte actuel étant donné l’importance et l’urgence de fournir des solutions génétiques pour accroître la durabilité des productions végétales et ainsi répondre à la demande sociétale. La betterave sucrière ne joue pas le rôle d’exception et SESVanderHave développe tous les outils réalisables pour répondre à cet objectif le plus rapidement possible.

L’objectif est simple : diminuer le cycle de sélection et accroître le nombre de plantes testées. La sélection c’est en quelque sorte un jeu de nombres ; plus le nombre de plantes testées est grand, plus la chance de trouver les individus les plus performants est importante. Les outils utilisés sont nombreux :sélection génomique, outils de phénotypage haut débit, serres haute technologie.

Interview de Jan SELS: Sélectionneur SESVanderHave en charge de la France

Pouvez-vous nous en dire plus sur la sélection génomique ?
Notre mission est de développer des hybrides ayant le meilleur potentiel de rendement couplé avec les résistances aux maladies désirées. Dans une population d’hybrides, la plupart des individus ont un rendement “moyen”. En tant que sélectionneurs, nous recherchons ceux qui se situent à l’extrémité droite de la courbe c’est-à-dire ceux avec le meilleur potentiel de rendement. Il est facile de comprendre qu’au plus nous testons d’hybrides, au plus la probabilité d’identifier les meilleurs est importante. Avec la sélection génomique, nous sommes maintenant capables d’estimer le rendement de différents individus grâce à des analyses génétiques. Comme le génotypage est plus rapide, moins onéreux et plus simple à mettre en oeuvre, nous pouvons analyser beaucoup plus d’individus que par le passé et ainsi ne choisir que les plus performants pour les tester au champ. En retour, nous utilisons les données de rendement au champ pour affiner notre connaissance du génome de la betterave et révéler les gènes impactant le rendement. Mais la sélection en laboratoire n’est pas toujours efficace à 100 %. Un génome même sélectionné représente un potentiel qui ne s’exprimera que si l’environnement lui est propice.

Peut-on considérer cette technique comme révolutionnaire ?
C’est une révolution dans les pratiques et l’organisation de la sélection. Grâce à la génomique, on peut lire le génome sur des dizaines de milliers de “balises” (marqueurs). La lecture de ces balises n’apporte rien en tant que telle, mais si on la met en face des performances, là c’est très intéressant car on peut faire des associations au sens statistique du terme entre la nature des balises (les allèles) et les aptitudes pour un caractère donné. Ces associations, étendues à plusieurs dizaines de milliers de balises, permettent de prédire la valeur génétique d’un individu. Là où cela est révolutionnaire, c’est que l’appréciation des performances peut se faire très précocement. La sélection génomique permet ainsi de gagner beaucoup de temps. On peut ainsi accéder à des caractères très complexes et très polygéniques comme le rendement, le stress hydrique, la richesse… Avec ces techniques, la sélection est entrée dans une nouvelle ère.

Et les outils de phénotypage ?
Le phénotypage au champ a fortement progressé ces dernières années et nous aide beaucoup dans la compréhension des comportements de nos hybrides au champ. On travaille par exemple de plus en plus avec les
drones.

Quelle est l’utilité des drones en expérimentation ?
Sur le plan de la cartographie, il est possible d’effectuer des prises de vues qui permettent de déterminer avec une précision satisfaisante l’état général des plateformes d’essais. Il est aussi possible de dénombrer les plantes par parcelle. Un équipement plus sophistiqué, comprenant des capteurs multispectraux, permet d’aller beaucoup plus loin dans l’interprétation des images. Dans la photographie classique, seules trois images différentes sont acquises, elles correspondent aux couleurs Rouge, Vert et Bleu. En imagerie multi-spectrale, une multitude d’images sont acquises, chaque image correspondant à une bande très précise du spectre. On obtient alors des informations beaucoup plus précises sur la lumière réfléchie par une culture, beaucoup plus précises que la seule image visible à l’oeil nu.

Vous avez récemment investi dans un complexe de serres de haute technologie le SESVanderHave Innovation Center (SVIC), quelle est son utilité ?

Inauguré il y a deux ans, le SVIC est désormais entièrement opérationnel. Il vient en complément de notre travail en laboratoire et au champ et permet le développement de nouvelles variétés plus rapidement que jamais. Grâce aux conditions contrôlées, les jeunes plantes se cultivent toute l’année dans nos serres. Nous effectuons ainsi des milliers de croisements manuels, augmentant ainsi nos chances de trouver les caractéristiques
recherchées. Par ailleurs, différents climats, types de sols, parasites et maladies y sont analysés avec une précision extrême. De cette façon, il est possible d’adapter nos variétés à chaque condition pédoclimatique.

Quelle est votre conclusion ?
Alors que le rendement de nombreuses plantes de grandes cultures stagne, nous avons la chance  de travailler en betterave avec une plante extraordinaire qui n’a pas atteint son potentiel de rendement maximal. En tant que sélectionneur, c’est une plante très intéressante à travailler, car nous avons la possibilité  de voir très rapidement l’impact de nos décisions. Cependant, les restrictions d’usage en produits phytosanitaires vont  indéniablement complexifier notre métier tout en renforçant son utilité. Il faut aller vite, car les solutions doivent être délivrées sur du très court terme. Toute notre équipe de recherche est mobilisée pour répondre au mieux et au plus vite aux problématiques techniques de la filière betteravière.